Sotakokemusten traumatisoima Freddie (Joaquin Phoenix) ajautuu juopuneena laivalle, missä hän kohtaa Lancaster Doddin (Philip Seymour Hoffman), karismaattisen johtajan, joka on juuri perustanut uuden ”uskonnon”. Elämänsuuntaa etsivä Freddie lyöttäytyy seurueen mukaan. Löyhästi skientologian perustajan L. Ron Hubbardin tarinaan pohjaava Mestari on hypnoottinen ja arvoituksellinen tutkielma kahden miehen välisestä vetovoimasta sekä näyttelijän työn juhlaa.